阮仪三表示，上世纪八十年代正值乡镇大发展之时，同济大学为周庄制定保护规划，开创了江南古镇保护的先河。之后，西塘、乌镇、同里、甪直、南浔等古镇相继编制保护规划，并开始投身于积极的保护实践，走出了一条“不拆古镇也能发展，保护古镇也能有很好经济效益”的发展新路。

　　“经过20多年的发展，如今，古镇发展暴露出一系列问题。”阮仪三教授进一步分析指出，古镇旅游几乎都是走一条或几条老街，看几所大宅、花园，坐一会小船，吃一餐家乡饭，所买的旅游纪念品也无非是松糕、蹄膀、酱菜、米酒、蓝印花布等等，旅游内容雷同，旅游产品相互模仿，古镇趋向同质化竞争；古镇过度商业化成致命伤，店铺泛滥破坏古镇风貌，大量的游客也让古镇不堪承受，周庄每年最佳旅游人数为60万，可2002年就达到了263万人次，2005年同里接待游客220余万人次，2007乌镇东西栅接待游客200余万人次，预计2008年将翻番，这种拥挤不堪的旅游体验，使水乡不再古朴静谧、可亲可近。除了旅游资源开发之外，随着古镇区商业旅游兴旺带来寸土寸金的丰厚利润，旅游度假区、星级宾馆、高尔夫球场都在附近陆续兴建，古镇本身原住民迁出，古镇原汁原味的生活场景一去不返。

　　“杜绝短期商业炒作和单一旅游功能的畸形引导，要求我们用更具前瞻性、长效性的眼光，树立遗产类群整体保护，并与时代同步发展的新观念。”阮仪三意味深长地说，水乡古镇的“整体性保护”不只保护历史建筑和城镇空间，更重要的是保护居住于其中的社会阶层，使他们连同他们所创造的精神文化一起，融入到现代社会的生活秩序中来。

　　而对于古镇旅游，阮仪三教授也特别提到，新时代的水乡古镇旅游更应当由一镇一家单打独斗、互相比拼，转为联手合作，结成水乡联盟，联合开发、资源共享、优势互补，形成水乡网络旅游，构建大水乡旅游联合体，“比如周庄小小一个地方，居然有十座四百年至八百年历史的古桥；同里‘老房子’特别多，镇内百分之四十以上都是明清时期的建筑；西塘的廊棚总长一千多米，是众多江南水乡中独一无二的；乌镇特有的‘水阁’让人与水更为亲密……古镇不应该互相效仿，而是应该形成各自特色，从而将其联合起来推向世界。”