公元1191年，大团地区被辟为盐区，属下沙南场辖界，名曰长人乡新场一团湾。公元1726年，南汇独立建县，大团隶属于江苏省松江府南汇县，称谓长人乡下场盐场一场一团。1821年清代道光年间建大团乡，废止盐灶，成为农业区。1911年（清代宣统三年），大团改称为第一区大团乡公所，其管辖区域相当于现存的大团、三墩、泥城、万祥、彭镇、芦潮港和宣桥的一部分。1929年（民国十八年），大团改称为第八区公所，管辖一镇十三乡，即大团镇、镇西乡、三墩乡、拱北乡、道南乡、万祥乡、泥城乡、马厂乡、小泐乡、彭镇乡、城南乡、城北乡、惠东乡、陈店乡。1939年7月，汉奸韩鸿声成立大团维持会，1939年改为第八分区，1945年抗战胜利后，恢复旧制，仍称第八区分所，1946年，第八区公所所辖范围缩小为一镇六乡，即大团镇、三墩乡、万祥乡、马厂乡、彭镇乡、泥城乡、云卿乡。1947年国民党裁区并乡，将原辖一镇六乡改为一镇三乡，即大团镇、万安乡、泥城乡、马厂乡。1949年5月15日大团解放后，共产党接管了第八区公所，6月设立第六联合办事处，下辖一镇十七乡，即大团镇、团西乡、新北乡、彭镇乡、汇茂乡、塘西乡、泥城乡、马厂乡、苏桥乡、新万乡、北窑乡、书院乡、新石乡、大桥乡、金陵乡、忠信乡、团东乡及团北乡。

大团地区于1949年5月15日解放，接管国民党大团区公所，6月设立第六联合办事处，在原国民党大团区公所辖区内实行人民民主专政，下辖一镇十七乡。

1949年12月建村：以自然村宅为基础，以河、桥、路为界，每村约百户人家，设正、副村长、农委主任、民兵队长。村以下设行政组，组设组长。  

1950年1月，撤销第六联合办事处，原辖区划分为大团、泥城两个区。大团区建立区委和区政府，下辖大团镇及团东、团北、团西、新石、新万、忠信、金陵、大桥等一镇八乡。大团镇下设中大街、南大街、交通街、蟠龙街、洽和街、南平街、新安街、起凤街，八乡共下设74个村。大团区总面积137236亩，总人口45896人。是时区、乡（镇）、村（街）三级机构形成一个比较完整的基层政权网络，为贯彻党的方针政策打下了组织基础。
1950年底全面开展土改工作，农民获得了土地，人民政权得以巩固。

1954年秋至1955年，各乡纷纷组建初级农业生产合作社，大团区共有47个初级社。

1957年9月，大团区以钦公塘为界，塘东建金陵乡，下辖15个高级社；塘西建大团乡，下辖23个高级社。乡设正、副党委书记、乡长并分设若干委员；高级社设正、副社长，党支部书记和会计。撤区后，大团镇设党委和政府。

1958年9月建立人民公社，下设营、连、排，以适应行动军事化、生产战斗化、生活集体化（简称三化;）；公社机关内设组织部、宣教部、农业部、畜牧水产部、财贸部、粮食部、工业交通水利部、劳动工资部、治安武装部、青委、妇委和办公室。是年，大团划归上海市后，大团镇九条街合并为南大、南平、中大、蟠龙、北大五条街，成立街道居民委员会，设街道主任。

1959年春至1961年5月，几经改制，确立公社、生产大队、生产队三级所有制。

1965年6月，大团人民公社下辖镇南、鸭场、车站、银杏、大杨、沙庙、龙潭、海潮、庙西、邵宅、董村、中心、柴场、赵桥、王厅、团西、陈桥、果园十八个大队及所属169个生产队。

1966年秋，大团公社各级领导班子处于瘫痪状态，各级文革领导小组建立。1968年造反派大联合，公社、大队、企事业单位相继成立革命委员会。1980年底，取消革委会名称，公社和大队成立管理委员会。公社管委会下设办公室、农业组、工业组、副业组、财经组、武装部、妇联、团委、计划生育、民政、司法、基本建设、文教卫生、业余教育、农科站、文化站、广播站、电影队等职能机构和群团组织。

1984年5月，大团人民公社改名为大团乡人民政府；随之，生产大队改名为村，生产队改名为组。

1994年5月，撤二建一，即撤销大团镇大团乡，合并后建立大团镇。

2003年5月，撤二建一，即撤销原大团镇、三墩镇建制，建立新大团镇。